"It may be assumed from the situation that ~, but in fact that is not the case." A way of negating only the ~ part.
例:
1. 長い間本をお借りたままでしたが、忘れていたわけではありません。
I've had the book I borrowed for a long time, but it's not that I forgot.
2. いつも電話に出られるわけではありません。連絡はメールでお願いします。I can't always answer the phone. Please contact me by email.
3. この仕事が好き(だ)というわけではないが、彼といっしょに仕事ができて楽しい。It's not that I like this job, but I enjoy working with him.
4. 転勤するのではありません。会社を辞めるんです。I'm not being transferred. I'm quitting the company.
5. A 「いい帽子ね。高かったでしょうね。A 「That's a nice hat. It must have been expensive, right.